Fanno parte di questa sezione strumenti relativi ad archivi di istituzioni del periodo preunitario, e in particolare del periodo del "governo misto" (1512-1796)
II 80. Legato
II 81. Legato - Bandi
II 82. Legato - Bandi speciali
II 83. Legato - Suppliche
II 84. Legato - Bullarum libri
II 85. Legato - Absolutiones
II 86. Legato - Expeditiones
II 87. Senato
II 88. Ambasciata bolognese a Roma
II 89. Ambasciata bolognese a Roma - Repertori
II 90. Ambasciata bolognese a Roma - Lettere del Senato e varie assunterie
II 91. Ambasciata bolognese a Roma - Registrum
II 92. Ambasciata bolognese a Roma - Posizioni
II 93. Assunteria di abbondanza
II 94. Assunteria d'Archivio
II 95. Assunteria d'Arti
II 96. Assunteria d'Arti - Miscellanea I
II 97. Assunteria di Camera
II 98. Assunteria di cancelleria
II 99. Assunteria di confini, acque e fiumi
II 100. Assunteria di confini ed acque - Mappe
II 101. Assunteria di Governo
II 103. Ufficio acque e strade - Campioni delle strade
II 104. Ufficio del contado
II 105. Ufficio del contado - Estimi del contado
II 106. Ufficio del notaio di governo
II 107. Assunteria di Istituto
II 109. Assunteria di liti e paci
II 110. Assunteria di magistrati
II 111. Assunteria di magistrati - Affari diversi volumi 1 e 2
II 111. Assunteria di magistrati - Affari diversi volumi 3 e 4
II 112. Assunteria di milizia
II 113. Assunteria di munizione
II 114. Assunteria di ornato
II 115. Assunteria di Pavaglione
II 116. Assunteria di revisione dei conti
II 117. Assunteria di Rota
II 118. Assunteria di sanità
II 119. Assunteria di sede vacante
II 120. Assunteria di Studio
II 121. Assunteria di Studio - Requisiti dei lettori
II 122. Assunteria di Studio - Leggi e decreti - Diversorum
II 123. Assunteria di Torrone
II 124. Assunteria di Zecca
II 125. Anziani consoli
II 126. Anziani consoli - Insignia
II 127. Gabella grossa, poi Congregazione di Gabella grossa
II 130. Difensori dell'avere
II 131. Monti di pubbliche prestanze
II 132. Ufficio delle bollette
II 133. Ufficio delle riformagioni
II 134. Tribuni della plebe
II 135. Commissione d'acque
II 136. Tribunale del Torrone - Registri di atti processuali
II 137. Tribunale del Torrone - Rubriche
II 138. Tribunale del Torrone - Registri di atti processuali
II 139. Tribunali civili o Attuari del foro civile
II 140. Miscellanea dei dazi
II 141. Negozio fabbrica di veli di Domenico Bettini
II 142. Corporazioni d'arti
II 143. Bandi e notificazioni