Nel corso del tempo l’Archivio di Stato di Bologna ha attivato e mantenuto proficui rapporti di collaborazione con i maggiori istituti culturali cittadini e si è efficacemente inserito in numerosi programmi di ricerca, anche di ambito non esclusivamente locale.
L’Università di Bologna è naturalmente un interlocutore irrinunciabile. In particolare, con il Dipartimento di discipline storiche – “Centro Gina Fasoli per lo studio della città” è stata stipulata nel 2003 una convenzione per la creazione di una banca dati contenente le riproduzioni e la descrizione degli estimi cittadini del 1296-97 (fondo Ufficio dei riformatori degli estimi, Serie II, bb. 2-48). Inoltre, grazie ad una convenzione sottoscritta con il Dipartimento di paleografia e medievistica, è attivo, ormai da qualche anno, un “Laboratorio di ricerca storica sulle fonti d’archivio”, rivolto ad allievi del corso di laurea specialistica in storia medievale e a dottorandi in storia medievale.
Un accordo è stato sottoscritto nel 2011 anche con l’Università di Ferrara. Questa volta l’obiettivo è puntato sui frammenti di codici medievali pergamenacei, che successivamente, in età moderna, sono stati reimpiegati come coperte di volumi e registri. Il progetto si propone il recupero, lo studio, l’inventariazione e la valorizzazione dei frammenti di codici in antico francese o provenzale e romanzi, conservati in numero rilevante dall’Archivio di Stato di Bologna.
L’Istituto partecipa inoltre, con gli Archivi di Stato di Milano e di Roma, la Sovrintendenza archeologica del Comune di Roma, il Politecnico di Milano, l’Università di Bologna e l’Università Roma Tre, al progetto “Ritratto di una città in un interno”, varato dalla Fondazione Cariplo. Il progetto prevede la realizzazione di un web GIS, attraverso la riproduzione digitale e la georeferenziazione di alcuni fra i documenti cartografici più importanti per la storia del centro urbano di Bologna: dalla pianta elaborata nel 1712 dai periti Monari e Laghi alle rilevazioni catastali eseguite nel 1811 e poi utilizzate dalla restaurata amministrazione pontificia per l’impianto del Catasto gregoriano.
L’accordo sottoscritto nel 2009 con la Fondazione del Monte di Bologna e Ravenna e la Fondazione Cassa di risparmio in Bologna ha consentito all’Istituto di giovarsi delle opportunità offerte dal progetto “Una città per gli archivi” e di realizzare il riordinamento e l’inventariazione di alcuni fondi documentari di età contemporanea, tra cui, ad esempio, quello della serie Persone pericolose per la sicurezza dello Stato dell’archivio di Gabinetto della Questura di Bologna.
Non si può tacere infine dell’intensa collaborazione avviata fin dall’origine con la Deputazione di storia patria per le province di Romagna, che fu del resto una delle promotrici dell’istituzione di un Archivio di Stato nel capoluogo emiliano. Di questa lunga collaborazione sono testimonianza, fra l’altro, i saggi e gli inventari relativi a fondi documentari conservati in Archivio di Stato e pubblicati a cura della Deputazione, i cui incontri periodici si tengono ancora oggi, non a caso, presso l’Archivio.